ЗУП 3.1 не удерживает НДФЛ с зарплаты за первую половину месяца, если не было начислений во второй половине.

Налоговые агенты обязаны удержать начисленную сумму НДФЛ из доходов налогоплательщика при их фактической выплате (п. 4 ст. 226 НК РФ)

Это задуманное поведение программы.
Ответ отдела разработки:
В соответствии с НК РФ налог должен быть удержан при реальной выплате, а не по желанию расчетчика.
В связи с этим автоматически в данном случае ведомость не заполняется.
НДФЛ в программе в этом случае будет исчислен в последний день месяца при начислении зарплаты.
Но т.к. к выплате ни рубля не остается (все уже выплатили в аванс, а дохода больше пока не было), то, формально, удержать и перечислить НДФЛ нет обязанности - не из чего.
В этом случае НДФЛ будет удержан при очередной выплате любого дохода этому сотруднику.

Так же рекомендуем проконсультироваться по данному вопросу в ИФНС.